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技术与服务

SWATH定量蛋白质组分析

SWATH定量蛋白质组分析

技术介绍

     定量蛋白质组学就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。定量蛋白质组学技术主要分为标记(Label)和非标记(Label Free)定量,标记策略分为体内标记,如SILAC标;体外标记,如iTRAQ和TMT标记等。

     DIA/SWATH(Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions)是一种全新质谱采集模式技术,运用数据非依赖性 (Data Independent Acquisition)的扫描采集模式,将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,使用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量,从而获得完整的肽段信息。

     DIA/SWATH综合了shotgun proteomics高通量检测的特点与精准定量分析的优势,是真正意义上的全景质谱检测手段,能够对复杂样品中几乎所有可检测的分子进行定量测定。另外,不需要提前对检测方法进行优化,只需要在已获得检测数据的基础上对分析方法进行优化即可,极大得缩短检测分析的周期。

技术特点

     1、高效:一次实验可定量检测到2000种以上蛋白

     2、准确:定量准确度与MRM技术相当

     3、完整:能够存储MS,MS/MS每个峰值的数据,同一样本无需进行重复检测

     4、灵敏:定量鉴定复杂的样品中所有分子,包括低丰度蛋白和肽段

技术流程

     接收样本——蛋白质提取——蛋白酶解——HPLC分离——DIA模式检测——数据解析——结果交付

应用领域

      1、机理和调控机制研究

      2、动态过程中机制研究

      3、疾病标志物的筛选

      4、用药及预后标志物筛选

      5、药物作用靶点研究

      6、特殊功能蛋白质筛选

样本要求

表1

     (1)请使用足量的干冰运输,尽量选用较快的邮递方式,以减少运输过程中样品降解 。

     (2)建议送原始样本,除非客户已经熟练掌握蛋白质组学的蛋白提取方法。

     (3)动物组织样品:湿重不低于200 mg,无溶血,软骨或骨头等样本,不低于400mg。

     (4)细胞样品:收集细胞沉淀PBS冲洗3遍,送样量为1×107或细胞沉淀不少于50 μl。

     (5)培养基上清液:需保证无菌体或细胞,可浓缩后寄送;不少于10 ml。

     (6)血清样品:新鲜血液于4℃,2000 g离心15 min,取上清;不少于500 μl;无溶血。

     (7)若客户直接提供蛋白样品,则蛋白量不少于1 mg,浓度不低于2 mg/mL。

项目报告

      中英文双语版技术报告,内容包括:

     1. 实验步骤

     2. 相关的质谱参数

     3. 质谱图片

     4. 原始数据

     5. 蛋白差异水平分析

     6. 生物信息学分析

生物信息学分析

     (1)质谱图分析,蛋白质数据质量评估

     (2)多组分样本PCA分析

     (3)鉴定的蛋白功能注释:GO功能注释、 KEGG功能注释和COG功能注释

     (4)差异表达蛋白统计分析:韦恩图、火山图(Volcano Plot)

     (5)差异表达蛋白聚类分析:层次聚类、K-means聚类

     (6)差异蛋白相互作用分析:基于STRING 数据库进行蛋白互作网络分析

一站式服务

      下单寄送样品,一站式服务完成:样品处理-上机分析-数据分析-项目报告。

服务周期

      自送样起******个工作日。


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