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非标记定量蛋白质组分析

非标记定量蛋白质组分析


技术介绍

      定量蛋白质组学就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。定量蛋白质组学技术主要分为标记(Label)和非标记(Label Free)定量,标记策略分为体内标记,如SILAC标;体外标记,如iTRAQ和TMT标记等。

      基于SILACiTRAQ的定量蛋白组学研究技术都是首先标记蛋白然后利用质谱进行分析;尽管提供的蛋白定量信息量巨大,但是标记试剂比较昂贵,每一个样品的成本较大,比较适合在整个蛋白组水平上对蛋白的表达变化进行定量的分析;对于相对简单的蛋白混合物,投入产出比比较低;对于某些翻译后修饰方式的蛋白组学研究来说,比如泛素化研究,iTRAQ试剂的标记会对此富集过程产生很大的影响,因此不能使用iTRAQ标记技术对组织样品的泛素化修饰进行组学水平上的分析。

      基于以上考虑,非标记定量技术被开发出来。蛋白质非标记定量技术(Label Free)通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,同一个肽段在质谱分析过程中离子化效率相同,质谱峰的面积就直接代表了该肽段量的多少,因此可以直接通过比较同一肽段质谱峰面积的方法直接得到该肽段所代表的蛋白的相对定量信息。

技术特点

     1、成本低:无需昂贵的同位素标签,蛋白质无需标记,样本所需蛋白总量少,实验耗费低;

     2、周期短:无需复杂的标记步骤,操作简单,耗时短;

     3、适用范围广:不受样品条件限制,几乎可对任何物种的各类蛋白质进行鉴定;

技术流程

      接收样品——蛋白提取——蛋白酶解——HPLC分离——LC-MS/MS——数据解析——结果交付

应用领域

     1、机理和调控机制研究

     2、动态过程中机制研究

     3、疾病标志物的筛选

     4、用药及预后标志物筛选

     5、药物作用靶点研究

     6、特殊功能蛋白质筛选

样本要求


     表1 

     (1)请使用足量的干冰运输,尽量选用较快的邮递方式,以减少运输过程中样品降解。

     (2)建议送原始样本,除非客户已经熟练掌握蛋白质组学的蛋白提取方法。

     (3)动物组织样品:湿重不低于200 mg,无溶血,软骨或骨头等样本,不低于400mg。

     (4)细胞样品:收集细胞沉淀PBS冲洗3遍,送样量为1×107或细胞沉淀不少于50 μl。

     (5)培养基上清液:需保证无菌体或细胞,可浓缩后寄送;不少于10 ml。

     (6)血清样品:新鲜血液于4℃,2000 g离心15 min,取上清;不少于500 μl;无溶血。

     (7)若客户直接提供蛋白样品,则蛋白量不少于1 mg,浓度不低于2 mg/mL。

项目报告

      中英文双语版技术报告,内容包括:

     1. 实验步骤

     2. 相关的质谱参数

     3. 质谱图片

     4. 原始数据

     5. 蛋白差异水平分析

     6. 生物信息学分析

生物信息学分析

     (1)质谱图分析,蛋白质数据质量评估

     (2)多组分样本PCA分析

     (3)鉴定的蛋白功能注释:GO功能注释、KEGG功能注释和COG功能注释

     (4)差异表达蛋白统计分析:韦恩图、火山图(Volcano Plot)

     (5)差异表达蛋白聚类分析:层次聚类、K-means聚类

     (6)差异蛋白相互作用分析:基于STRING数据库进行蛋白互作网络分析

一站式服务

      下单寄送样品,一站式服务完成:样品处理-上机分析-数据分析-项目报告。

服务周期

      自送样起******个工作日。


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