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技术与服务

ChIP及RIP-seq

ChIP及RIP-seq

服务简介

      通过染色质免疫沉淀(ChIP)检测和测序技术相结合,ChIP测序(ChIP-Seq)成为鉴定转录因子及其他蛋白因子在全基因组范围内的DNA结合位点的强有力方法。在ChIP操作之后,通过特异抗体将DNA结合蛋白免疫沉淀。结合的DNA被同时沉淀、纯化并测序。

      新一代测序(NGS)在ChIP上的应用已经揭示了一些在各种疾病和生物学通路中发挥作用的基因调控事件的线索。ChIP-Seq能够在全基因组规模上实现对蛋白与核酸相互作用的全面检测。ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,并通过高通量测序,在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点,且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。 RIP-seq是研究细胞内RNA与蛋白结合情况,以RNA免疫共沉淀(RIP)为基础,采用特异抗体对RNA结合蛋白或者特殊修饰的RNA进行免疫共沉淀后,分离RNA,通过NGS测序,在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的RNA区域或种类,且可比较多个样品间差异。

技术特点

     1、可在任何生物体的整个基因组中捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点

     2、确定转录因子的结合位点

     3、结合RNA测序和甲基化分析,揭示基因调控网络

     4、可兼容不同起始量的DNA样品

应用领域

     1、ChIP-Seq可鉴定DNA结合蛋白的结合位点,可用于定位一个给定蛋白的整体结合位点,不需要任何先验知识,可以无偏向性地研究表观遗传模式。

     2、ChIP-seq通过大规模并行测序提供全基因组的图谱,产生覆盖多个样品的数百万次计数分析,实现经济且精确的分析。在全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,组蛋白修饰和表观遗传修饰的技术,对着三个主题进行研究,有助于洞悉蛋白对基因表达的调控以及染色体的功能结构。

     3、采用卓越的RIP-seq技术,结合高性价比的测序数据和信息分析,在全转录组范围内对蛋白结合位点进行筛选与鉴定,系统、全面、精准挖掘结合位点,深度解析目标RNA种类以及其与蛋白的相互作用。

样本要求

      样本类型:新鲜冻存组织、FFPE样本、血液样本等

服务周期

      自接收样品到交付***自然日

服务流程

      接收样品——操作ChIP/RIP——DNA/RNA纯化——文库构建——PE150测序——信息分析

信息分析:

      通过对IP下来的合格DNA / RNA样本,建库测序,获得高质量reads,根据SCC曲线判断IP效果,通过motif分析判断IP的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱,DNA的表观修饰 / 特异蛋白结合的RNA种类。

信息分析项目

     1、测序数据质量评估,过滤掉低质量数据,保证数据质量

     2、与参考基因组比对,scc分析,判断IP效果

     3、peak峰calling,分析蛋白结合位点

     4、motif分析,蛋白结合序列的偏好性

     5、peak峰相关基因注释,寻找蛋白潜在调控或者结合的基因

     6、差异peak分析,分析不同样本间差异peak峰

     7、相关基因功能分析,相关基因GO,KEGG富集分析


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