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SILAC定量蛋白质组分析

SILAC定量蛋白质组分析


技术介绍

      定量蛋白质组学就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂的混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定。定量蛋白质组学技术主要分为标记(Label)和非标记(Label Free)定量,标记策略分为体内标记,如SILAC标;体外标记,如iTRAQ和TMT标记等。

      SILAC(stable-isotope labelling by amino acids in cell culture,细胞培养条件下稳定同位素标记)技术,该技术适用于细胞和动物的体内标记,具有系统误差小,定量准确,并且可以进一步寻找具有时效性变化的差异蛋白,更精准地研究刺激的作用机理等技术特点。SILAC技术利用含轻、中或重型同位素标记的必需氨基酸(主要是Lys和Arg)培养基培养多组细胞,标记细胞内新合成的蛋白质。一般培养5-6代后,细胞中的蛋白质将都被同位素标记,取代了原有的氨基酸,这样,两个蛋白之间就存在分子量的改变,而其它化学性质无异。然后将两组细胞混合,提取出蛋白质,质谱进行测定,通过比较一级质谱图中不带标记/带同位素标记质谱峰型的面积大小进行相对定量,同时二级谱图对肽段进行序列测定从而进行蛋白鉴定。

       Dimethyl标记也是一种同位素蛋白标记的方法。Dimethyl是一种小分子同位素化学标记物,通过化学标记的方法标记细胞裂解后的蛋白或多肽的N端或者赖氨酸的ε氨基基团,使蛋白/多肽标记上不同的Dimethyl标签。除了标记方法的差别外,SILAC/Dimethyl两种标记的质谱分析方法基本一致,而且具有相近的分析精度和广度,在定量蛋白组学分析研究中受到越来越广泛的运用。

技术特点

     1、真实:体内标记,更接近真实状态,适于培养细胞或小鼠蛋白质表达动态变化研究;

     2、精确:多个样本混合后同时进行分离、酶切和鉴定,降低定量误差,线性定量范围广;   

     3、高效:可同时鉴定并定量数百至数千种蛋白质;

     4、灵敏:蛋白质需要量明显减少;

     5、通用:可对在DMEM、DMEM-F12、1640三种培养基中培养的多种细胞进行标记;

技术流程

      接收样品——细胞培养标记——蛋白提取及混合——蛋白酶解——HPLC分离——LC-MS/MS——数据解析——结果交付

用领域

     1、机理和调控机制研究

     2、动态过程中机制研究

     3、疾病标志物的筛选

     4、用药及预后标志物筛选

     5、药物作用靶点研究

     6、特殊功能蛋白质筛选

样本要求

      1、使用干冰将冻存细胞寄送,同时保证细胞具有可以传代培养5次以上的能力;
      2、将标记完成并经过处理的细胞样品或蛋白样品干冰寄送,每个样品50-100ug蛋白。

项目报告

      中英文双语版技术报告,内容包括:
      1.实验步骤
      2.相关的质谱参数
      3.质谱图片
      4.原始数据
      5.蛋白差异水平分析
      6.生物信息学分析

生物信息学分析

     (1)质谱图分析,蛋白质数据质量评估

     (2)多组分样本PCA分析

     (3)鉴定的蛋白功能注释:GO功能注释、KEGG功能注释和COG功能注释

     (4)差异表达蛋白统计分析:韦恩图、火山图(Volcano Plot)

     (5)差异表达蛋白聚类分析:层次聚类、K-means聚类

     (6)差异蛋白相互作用分析:基于STRING数据库进行蛋白互作网络分析

一站式服务

      下单寄送样品,一站式服务完成:样品处理-上机分析-数据分析-项目报告。

服务周期

      自送样起******个工作日。



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